“奉上谕，杭州将军查木杨勾结贼寇，干犯国法，已然伏诛，着闽浙总督赵国祚捕拿一干人等，有妄动者杀无赦！”
在处置了查木杨等人后，左世永和赵登龙随即率军将杭州八旗的驻地围了个水泄不通。
见已方的兵营被绿营包围，杭州驻防的八旗无一不义愤填膺，他们都是八旗子弟子弟，何时受过绿营的冤枉气，但愤怒归愤怒，八旗兵将们却没有在脸上表现出来，因为赵登龙手上实实在在拿着一道明黄色的圣旨。
杭州驻防八旗甲喇章京屯塔却有些不放心，一力要求赵登龙把圣旨拿来，他道：“查将军在杭州任上尽心尽力，又是满洲人，如何会勾结贼寇？”
赵登龙大怒，提刀喝道：“屯大人，……你这是质疑圣上的圣旨吗？难不成尔是查木杨的余党？”
“我……我……！”
军营被围，自家将军大人又生死不知，屯塔未免有些气短，当然他也不信这些绿营兵会敢对满洲兵动手，在赵登龙的逼迫下，只得无奈地抛下了手中的武器，表示愿意奉赵国祚的号令。
可屯塔万万没有想到，在杭州八旗放下武器后，这帮绿营兵竟然在大营内开起了杀戒，只小半个时辰，就把营内的满洲兵剿杀殆尽。
解决了杭州八旗后，赵国祚又飞檄福建汀州镇总兵蒋勋、福宁镇总兵黄大来、漳州镇总兵陈洞、建宁镇总兵敦柱，让他们尽快赶赴临安行营，以应付攻入浙江的长毛贼寇。
黄大来，字君甫，陕西人。行伍出身。从小习武，清康熙初年投军，在浙江提督赛白理帐下充作小校，因素有武力，被赛白理看中。
康熙十三年，耿精忠反复，黄大来举旗奋进，杀败叛军，因功擢升为福宁镇总兵。
蒋勋是福建安平人，康熙三年以武举入军，康熙十四面随军征讨靖南王耿精忠，屡立战功，累迁至汀州总兵。
至于陈洞和敦柱二人，亦是因随军击退耿精忠和郑经军，因功做到了总兵的位置。
赵国祚调诸人入浙，其目的正是收缴几人的兵权，好整合闽浙地区的绿营兵。
与此同时，福建水师也完成了对澎湖郑军残部的搜索，兵锋直逼东番本岛。
施琅是真的没想到这次攻略澎湖居然会如此顺利，自五月份出兵后，仅仅两个月登陆澎湖，更没想到和明军决战时，台风会转向，让大清军不费吹灰之力就解决掉了刘国轩部主力。
此战共毙伤明郑军一万两千余人，俘五千余人。击毁、缴获战船一百九余艘。唯独刘国轩率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛郑军遂向施琅投降。而清军付出的代价仅仅是阵亡三百二九人，伤一千八百余人，船只无一损失。
要不是考虑东番水道非常险恶难行，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，意图迫降明郑军。为此施琅在澎湖禁止杀戮，张榜安民；发布《安抚输诚示》。并派原刘国轩副将曾蜚赴台。派人医治受伤战俘，给他们补给衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守澹水的何佑首先私通施琅。
面对施琅的军事压力，东番本岛的明郑军将领，提出了三个不同的意见，有人认为东番本岛险塞难行，即便是施琅海战获胜，要想登陆东番也不是轻而易举的事，也有人认为当攻略吕宋，重新寻一块根据之地，还有人认为，明郑水师已然大势已去，还不如投降清廷，如此也能保全家小。
东番岛上人心不稳的消息迅速由何佑传到了在澎湖的施琅处，到了这个时候，施琅知道大事是真正的定下了，可欲招抚东番残部，他一个水师提督显然是没有资格的。
为了尽收平台之功，施琅遂将澎湖军务交给了陈蟒和董义，自个趁船回返铜山，也好在明珠和姚启圣面前夸耀他的武功。
然而施琅没有想到的是，他刚刚踏入铜山港，身边就涌出了无数持刀拿矛的楚军士兵，只不过为迷惑施琅，这些士兵都身穿绿营兵号衣。
“……你们想干什么，本督是施琅，尔等难道想造反吗？本督要见姚启圣，要见明相！”
施琅懵了，他哪里想到刚刚回返铜山，就被人控制了，到了这个时候，他还以为这些绿营兵是奉了姚启圣的号令。
按照康熙帝规划，平台事应由姚启圣、万正色、巡抚吴兴祚一起商讨作战，而施琅却打算排除姚启圣等人的节制，以便能全权进攻台湾，不过康熙帝只同意吴兴祚负责后勤，仍然命令姚启圣和施琅共同出兵。
康熙二十一年五月初五，清军主力抵达铜山岛，姚启圣和施琅却在争执出兵时机，姚启圣主张利用冬天的北风，施琅主张利用夏天的南风，导致清军无法顺利出兵。
最后康熙帝于十月初六裁定施琅负责前线作战，姚启圣改任后勤作业，这才让施琅如愿取得前线的统帅权。
姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂，但这也令姚启圣和施琅出现了不和，望着周围的绿营兵，施琅只以为姚启圣是公报私仇，想抢夺他的平台大功。
“呵呵，施提督，本官实话和你说吧，明中堂已决定举闽越之众北伐，捕拿祸国奸臣索额图，今姚总督和赵总督都同意奉明中堂号令行事，不知施提督愿不愿意？”
率兵包围施琅的不是别人，正是铜山参将周球，连续出卖了明珠和姚启圣后，周参将知道他已然没有回头路了，即便是现在率兵围了施琅，也丝毫没有羞愧之心。
“……你们？”
闻言，施琅心下一突，他哪里想到明珠竟会行这等悖逆事，居然在这个节骨眼上发动兵变。
“施提督放心，明中堂早已令人草拟了讨逆檄文，施提督却是名列榜首，不管施提督同不同意，想洗脱干系，恐怕都不可能了。”
施琅曾两度降清，乃是铁杆汉奸，按理说既然落到楚军手上，肯定是要千刀万剐的，可偏偏他手中有数百条海船，在没有控制这支船队的时候，便是想动他都不可能。