萧智在收到的电报后，下达了攻击杭州城的总攻令，短短半天的时间杭州城便被攻克，憋了好几天的北伐军在战斗中凶悍再次被展现了出来，尽管守城的清军抵抗依然很顽强，但是比起北伐军的进攻来还是差了许多，无论是战斗的意志还是拼杀的决心，这些清军比起北伐军来都远远不及，何况现在的北伐军还决心为几天前牺牲的战友们报仇呢！这使得北伐军在决战的意志上更加的强烈，许多人恨不得一下子飞上城墙同清军拼杀。面对杀红眼的北伐军战士，尽管清军的火炮也开始了不间断的射击，但是仍然没有阻止住北伐军胜利的步伐，清军这次彻底的被北伐战士这种不要命的打法给吓倒了，仅仅抵抗了不到三个小时，杭州城就被攻破了。
经过福州战役等几个战役的后，北伐军战士对于城市战和巷战早已是驾轻就熟了，到下午5时左右整个杭州城里清军被彻底地肃清，杭州城成了安南省控制的又一个省会城市。随后萧智奖北伐的指挥部也搬进了城里，就设在原来浙江巡抚萨布里的府衙内，这里地方宽敞，而且交通便利，是作为指挥的理想之地，萧智一眼就看上了这里。当然，原来的浙江巡抚萨布里早已在杭州城破时被乱军击毙了，这里也成了无主之地，北伐军作为这座城市的新主人当然有权利处置这些房屋了。随着北伐军进驻杭州，整个浙江省也逐渐的被北伐军所控制，全浙境内的各地的清军武装也是望风投降，第七师和第八师也陆续的派出一些部队接受地方政权，解散地方地主的抵抗武装，以为将来安南省政工人员的接受和控制这些地区打下基础。根据战后的统计，在杭州战役中，清军共有12ooo人被击毙，被击伤约1oooo人，约有38ooo人成了北伐军的俘虏，经过教育和挑选，约有35ooo人决定加入北伐军。在这35ooo人中，有5ooo人被编入了第七师和第八师的战斗序列中，以补充在这次战斗中的人员消耗，其余则被另外的编织成了两个作战师团，每师15ooo人，番号暂编为安南省陆军驻浙江警备师。还是老规矩，这两个新编的师团的军官从上到下都是安南省的人，以保证两个师团可以被牢牢的控制在安南省的手里。在整个杭州战役中，北伐军的第七师和第八师共伤亡人数约45oo人，其中阵亡约22oo，重伤16oo多人，轻伤7oo多人，第七师因为打过福州战役，对攻城战比较熟悉所以阵亡的人数较少，除了一开始的伤亡外，在以后的巷战中伤亡较少，总共伤亡了约12oo人左右，阵亡人数约为7oo人，第八师由于没有太多的攻城经验，而且由于都是第一次作战，所以伤亡较大，约有33oo伤亡，其中阵亡15oo人左右，阵亡的战士有相当一部分是在城内的巷战中牺牲的，这也使得萧智等人更加的重视部队在巷战中的经验总结了，因为随着北伐的进行，清军对北伐军的各种战法也越来越了解，其针对性地防守也越来越强，现在北伐军的对手还只是一些没有经过多少严格训练的清军就有这么大的伤亡，一旦以后面对上了清军的精锐或者是淮军精锐的话，这样的伤亡肯能会更大，如果现在不该进自己的战法，那么将来吃的亏也就会更大，所以战斗一结束，萧智就把两个师的主要将领都叫到了自己的指挥部来开会，除了总结这次战斗的经验教训外，更主要的是要向他们通报一下上次电报的内容，同时在部署一下接下来的任务。
不久之后，两个师的主要领导都来到了萧智的指挥部，在指挥部的会议室里，萧智先向他们说明了电报的内容：预备登陆上海的第九师和从日本来的第十一师在海上汇合后，于一日前成功在上海登陆，刘坤一驻守上海的约2万清军在抵抗不到一个小时后，向后撤退。目前驻守在上海以西苏州及无锡一带。上海战役共歼灭清军约8ooo余名，两师现已完全控制了上海及其港口。听到这些在座的第七师和第八师的领导们坐不住了，他们纷纷要求萧智马上下达进军命令，以争取尽快的去和第九师及第十一师汇合。但是萧智却摇了摇头，表示现在还不是时候，现在两师的主要任务是抓紧时间进行修整，同时等待增援部队的到来，而且两师现在人物也很重，要尽可能快的肃清浙江省内的抵抗分子，以为下一步的工作打好基础。同时萧智也要求第七师驻守浙江，不再继续北伐了。在谈话中，萧智重点谈了对新组建的两个警备师意见，他要求第七师要牢牢地守好浙江，帮助两个新建师的整训和教育工作，要协助其后到来的政工人员展开各项工作，第七师的师长陆皓虽然心里很是不愿意，但也只好听从萧智的命令，乖乖的将部队驻守在浙江境内，眼睁睁地看着第八师和从台湾赶来的第十二师汇合，然后又开赴前线。
这样随着北伐军逐渐的接近长江地区，北伐的第二阶段目标也逐渐的接近了尾声，到目前为止，北伐军的各路部队的进展都比较的顺利，西路的已经攻占了湖南省的大部，基本上将驻湖南的清军压缩在了几个主要的大城市，中路军在江西战场进展也比较的顺利，在得到新编安南北进纵队（由广东第一纵队改编，总兵力22ooo人）的支援后，进军度一下子加快了不少，现在已经进抵吉安.鹰潭等地，进逼南昌，独立旅也已经攻占上饶等地，现在正向景德镇挺进，预计9月15日可攻占该地区。至于云南贵州等地进攻的力度都不是很大，唯一值得说的，就是驻守云南的部队攻占了四川长江以南的华坪县以东的地区，这个地区在后世叫攀枝花，随后安南省的探矿队在这里现了储量巨大的铁矿，经过萧智的批准，这一地区被划归了云南省，同时一个巨大的钢铁基地也开始着手建设，与此相配套的铁路和公路也在热火朝天地建设着，这些都极大地促进了云南省经济的展，特别是云南省北部的偏远的少数民族地区借助这次机会，经济和交通得到了极大的改善，百姓的生活水平提高了很多。
就在萧智等人指挥部队在杭州城下作战的时候，准备在上海登陆第九师在上海的外海同从日本来的第十一师顺利的汇合，其后经过简单的调整后，两部在海军的掩护下直扑上海，1896年9月11日晚，第九师和第十一师抵达上海的长江北岸，并于当晚趁防守清军的疏忽，在上海高桥及宝山一带成功登陆，等驻守上海的清军直到在天快亮的时候才现，当他们赶来阻止时已经来来不及了，在两地登陆的安南部队已经过了12ooo人，并且已经修筑好了防御工事。清军将领一看事不可为，又马上带着自己的部队回到了上海县城里，他知道在野外和安南省陆军打仗是极其不明智的做法，只有依靠城墙才可能抵御住安南的进攻，所以这位清军统帅一面派人向刘坤一报告，一面收拢部队，准备抵抗安南陆军的进攻。经过一夜的忙碌，在上午1o点左右的时候，登陆上海的两个师终于全部上了岸，武器装备也已经绝大多数被运到了岸上，9月12日上午12时，在经过短暂的休整和准备之后，第九师和第十一师开始向上海县城起攻击，同时安南海军也缓缓地驶入黄浦江，以对陆军进行火力上的支援。
虽然第九师和第十一师两部的总兵力合计有3万之众，但是萧智给他们的命令并没有将上海守军全歼这一条，萧智只是要求两师在尽可能短的时间内占领上海，并且要牢牢地守住上海这个战略要点。第九师和第十一师可以说在接到这个命令是还是挺郁闷的，毕竟萧智的这个命令很是约束他们的行动，按照这两个师的脾气，打上海那还不是小菜一碟，打完上海就直接打南京得了，那还用这么麻烦？但是萧智下的是死命令，谁敢不听就枪毙谁，这也使得第九师和第十一师的战士们只好乖乖地听话了。为了尽可能地减少伤亡，以最快的度拿下上海，两个师的师长决定集中两个师主力，向一个地方猛攻，不以歼灭敌均为目的，只要占领上海即可。这也使得守卫上海的清军不得不将主要的守卫力量放在一个点上，但是又不敢将全部的力量都放在这里，因为谁知道安南省这样做是不是在故意吸引自己，万一他们再来个声东击西的战术，上海城就完了，但是安南省陆军进攻实在是太猛烈了，本来人数就少的清军根本就抵挡不住两师的狂攻，仅仅半个多小时，清军就从上海县城的西门撤退了，两部以极小的代价就攻占了这座南中国最达的城市。
攻占上海后，第九师大胆地派出一个旅对逃跑的清军进行了追击，于是一场在后世看来有些可笑的“赛跑”开始了，第九师的这个旅是一个纯陆战旅，兵力约为五千，全部装备是新式的自动步枪，此外还有相当数量的轻机枪和重机枪，火力在安南省的部队中也只能算是中等，而清军撤退时兵力约在17ooo人左右，装备的是单击的后装步枪，还有少量的机枪，如果以火力来说，虽然清军的装备较差，但是由于人数较多，火力强度并不比这个旅差多少，但是被吓坏了清军并没有回过头来阻击这个旅的追击，而是拼了命的苏州方向跑，沿途驻守的清军一看这阵势也是吓坏了，在不明就里的情况下也跟着逃跑，结果一路上逃跑的清军越来越多，当到达苏州城外的?直镇时，清军逃跑的队伍人数达到了惊人的3oooo人，这还不算那些掉了队被安南省部队俘虏的人数，这些清军部队直到进了苏州城以后还是惊魂未定，害怕不已，但是当事后再问这些人为什么要跑的时候，大家都是面面相绪，不知道该怎么回答，难道说只是看见别人跑自己才跑的，这多丢人啊！大家只好说因为苏州防御兵力单薄，特来相助等等这样的理由来搪塞一下，唯有驻守上海的清军事说自己抵挡不住安南军队的攻击，现在从上海撤退下云云。事后，当听说安南省追击的部队只有五千人时，这些个清军将领都是羞愧不已，纷纷出来指着原来的驻上海清军将领的鼻子大骂不已。当然，刘坤一在知道这个情况后，也是气的破口大骂，自己精心布置的上海至苏州的数道防线就这么稀里糊涂地被人家给突破了，而且还是不费一枪一弹地就突破了，这是气死本总督了。生气归生气，这些人也是无可奈何，这一个旅在追击到了?直镇以后就不再前进一步了，在破毁了沿途清军修筑的工事后，这支部队带着路上抓到的约5ooo俘虏回到了上海的华新镇，并在这里驻防。
远在杭州的萧智在进行完必要的休整之后，就带着队伍向湖州出了，这次出的有第八师和新增援到来的第十二师，全军约3oooo人，此外从广东北上的第一纵队一部约1oooo人也在向杭州进，他们的将在一天后到达杭州，在这里稍事休息后，该部将向嘉兴进军，然后将向上海进军，并且将成为上海的警备部队，作为一支预备队，其在必要时也将参加进攻南京的战斗。第八师和第十二师进展十分的迅，只用了一天半的就到达了湖州，在占领湖州后，留下一个团驻守后，全军沿太湖南岸东进，终于在芦墟镇和前来接应的第九师一部汇合，经接着第一纵队在完成对嘉兴的占领后，也快马加鞭地赶到了芦墟镇，这样三部顺利的汇师完毕，这也预示着苏南和皖南战役正式来开了序幕，北伐军的最艰苦的战斗即将打响，清军在江南地区最后的也是最为精锐的武装力量将和安南省陆军展开一场最为惨烈的决战，这也是北伐军在江南的最后的战斗，双方都在积蓄力量准备做最后的一搏。
随后，第一纵队的1万人接替了第九师和第十一师的在上海的防御任务，第八，九，十一和十二师共计四个师六万人浩浩荡荡地从芦墟镇向苏州进军，苏南战役即将打响。而远在南京的两江总督刘坤一此时也陷入了两难的境地。就在这个时候，一件意想不到的事情却深深地刺激了这位两江最高的统治者。