后来第一场考试的考官森乃伊比基的出现，中止了音忍、药师兜及鸣人他们之间的胡闹。
到了第二场中忍考试──“死亡森林”临近结束时，他遇上了有“地之卷轴”、但没有“天之卷轴”通过考试所需之两卷轴的鸣人他们。
佐助得知兜已取得了“天之卷轴”及“地之卷轴”，就提出跟兜交战的要求。
但兜认为他们如若想取得“天之卷轴”，就更应该到终点塔之附近埋伏，因为那里有比较多的考生正赶赴终点。
不过，兜亦指出那里也有其他跟他们相同想法、并在那里埋伏的考生，所以为了自身安全要和他们一同前往终点之塔。
就在差不多到了塔附近之时，遇上了来自雨隐村的下忍篝、梦多及胧。
因这三名雨忍不擅长近身攻击，所以他们使用了自己擅长的幻术及分身术，并把自己的真身隐藏起来。
他们的目的就是想利用分身消耗鸣人、兜他们的体力，等鸣人他们的查克拉用尽后，便现身解决他们。
兜在与分身的战斗中，为了保护鸣人他们而被偷袭受伤。
后雨忍三人的真身被发现，并被漩涡鸣人击败，成功取得“天之卷轴”。兜及鸣人四人顺利到下一场考试的试场。
但就在中忍预赛考试前夕，他与队友私下跟前来夺取佐助的大蛇丸会面，汇报了佐助的情况及表现。
之后以受伤为由先行退出第三场考试的预赛，让鸣人为他感到遗憾。
然而事实上当时只有我爱罗能够打败拥有上忍实力的兜。
中忍选拔试退出后，兜就一直活跃于大蛇丸身边，并跟砂之上忍叶鬼保持联络，开始音忍、砂忍联手攻打木叶隐村的准备。
大蛇丸曾警告他不要做出违背目的的事，否则会杀死他，但后来戏说只是笑话。
但他看着大蛇丸的未来容器──拥有写轮眼的宇智波佐助就想到了自己，“太过优秀其实是很悲哀的”。
因为这个想法，他趁佐助在医院休息时，打败旗木卡卡西派来看守病房的四名暗部忍者，打算刺杀佐助。
之后他似乎想用刀刺在佐助身上，但其实他是把刀抛向早已来到病房的旗木卡卡西。
没想到站在那里的“兜”其实是他以死魂之术令其中一位已故暗部忍者暂时复活并变成自己制造假像，而自己则变身成暗部倒在地上，到适当时机便跳窗而逃，卡卡西亦表示面对兜未必能击倒他。
在第三场正式考试开始时，化装成暗部并出现于会场。
他医治了当时身有内伤的日向雏田，但被犬冢牙的忍犬赤丸识破了身份，因此立即把牙及赤丸击晕。
及后当大蛇丸开始行动时，他便以幻术·涅盘精舍之术使会场所有人陷入深沉的睡眠，然后跟观众席内隐藏的音忍及砂忍一起行动。
他的身份亦很快被卡卡西揭穿，当大蛇丸的行动失败、双手被三代目火影废去后，兜跟砂隐村的叶鬼一同离去。
木叶隐村之战后，砂隐村亦向木叶隐村投降。
此时大蛇丸的双手被三代的尸鬼封尽废去，不但要面对难以忍受的痛楚，而且也使不出忍术。
作为大蛇丸身边的心腹及医疗忍者，他特制各种药物，但只能稍减大蛇丸的痛楚。
最后决定一起前往寻找“传说三忍”之一、拥有高超医疗忍术的纲手，让她治疗大蛇丸的双手。
后来他们在短册街的城堡处找到了纲手。大蛇丸向纲手提出条件，只要她肯答应医治，就可以把她重要的人──断及绳树进行复活，以及不会摧毁木叶隐村为条件。
纲手尽管很想见到亲人，但她知道大蛇丸是不会轻易放过摧毁木叶隐村的机会，便假装肯医治大蛇丸，然后对他施以偷袭。
兜看出纲手的偷袭，立即掷出手里剑分开大蛇丸及纲手。纲手跟大蛇丸、药师兜之战瞬间展开。
兜认为在城堡的地方不利于跟具有怪力的纲手对战，于是便把纲手诱至山丘处。
跟纲手一路打到山丘后，他服下兵粮丸，并使出具攻击力的医疗忍术，把查克拉注入纲手手及腹的肌肉中，并加以损伤。
对于兜的高超医疗忍术及身手，纲手也感到吃力。后来更对纲手胸口打了一掌，使其难于呼吸。
纲手亦使出绝招──乱身冲，将查克拉化成电力注入兜体内，麻痹其神经系统，令兜不能自由活动。
但凭兜的医疗知识，也很快就突破麻痹状态，正想进行反击。刚好也被赶到的自来也、静音及鸣人击退。
同时面对两名传说三忍，自来也及纲手，兜决定先麻痹纲手的攻击，向她展示她最害怕的血液。
纲手顿时全身颤抖、动也不能动，只能任人攻击。兜也向鸣人揭露自己的真实身份，嘲笑鸣人只是个无能的小鬼，没有当忍者的才能。
被兜挑衅的鸣人，自然不会放过兜。鸣人以多重影分身术攻击兜，但就如自来也所说，鸣人的实力和兜相差太远，完全不到作用。
因此，自来也决定自己来对付大蛇丸，让静音与兜对战。
另一方面，兜也协助大蛇丸召唤巨蛇。巨蛇袭向自来也他们，而兜袭击带着纲手逃离的静音。
兜躲过静音的毒雾，然后从地中抓着并打断静音的脚筋，把她重摔在地上，并狂踢正于一旁颤抖的纲手。
鸣人前来阻止，以护额挡住兜对纲手的攻击。但因大腿骨受伤、小腿伸直肌又被兜打断，无法跟兜对战。被兜轻松压制，劝鸣人快放弃成为火影的梦想、舍弃同伴及逃走。
尽管如此，以鸣人的强硬性格，依旧站在纲手面前保护她。
鸣人约定要赢得纲手身上的项链、成为火影，奇迹般地接下了兜的致命攻击，并以刚学会的螺旋丸一击重创兜，伤及其内脏，连兜的医疗忍术也无法自愈。但兜在与鸣人接触的一瞬间，已用查克拉手术刀把鸣人的心肌切断，使鸣人在攻击后亦体力不支倒地。
兜以为鸣人死定了，纲手为鸣人流的眼泪，使她的精神亦被唤醒了、对血已不再害怕，并为鸣人赌上性命，利用创造再生自愈、又召唤出通灵兽蛞蝓。
自来也赶紧召唤出蛞蟆文太。兜见状立即协助大蛇丸召唤通灵兽──万蛇。
经过一场混战后，大蛇丸及万蛇均被纲手、自来也联手击败。兜立即救醒大蛇丸，并与大蛇丸一同撤退。
自三忍一战结束后，兜正式退居幕后，在大蛇丸身边服侍及为其医疗。
因为大蛇丸双手的痛楚日增，所以在宇智波佐助还未来到音隐村前，决定为大蛇丸挑选容器。
他从牢中释放了许多被囚禁的忍者，以放胜利者离开为理由，让他们自相残杀，最后只剩下一名忍者──幻幽丸。
幻幽丸答应奉献自己给大蛇丸作容器，以换取释放其他被囚禁的伙伴，终亦成为大蛇丸的新容器。
除此之外，兜亦为音忍五人众之一、拥有血继限界──尸骨脉的君麻吕治疗。
君麻吕本是大蛇丸容器的选择之一，但因身体本有疾病，在暗杀风影后，已被大蛇丸抛弃。
他就是一直在兜的治疗下生存着，直到他愿意协助把佐助带来音隐村、离开兜的治疗为止。兜此后在第一部已较少出现。
正如赤砂之蝎临死前对小樱所说，他在大蛇丸身边安置了一名卧底。
兜就是他口中的那名卧底。大和、鸣人他们不知此事，于是便据蝎的资料，由大和变身成“蝎”，前往天地桥跟卧底会面。
当他们知道兜原来亦是蝎派去的卧底，深感惊讶。兜跟化成“蝎”的大和展开谈话，说要按照之前任务所命、把大蛇丸转生后剩余的躯壳细胞样本交给“蝎”，并认为不能在此久留。
然而，大蛇丸却突然在兜身边出现，兜瞬身走到“蝎”的身边，似乎是要与“蝎”一起对付大蛇丸。
结果没料到兜突然向“蝎”发动袭击。大和伪装成“蝎”的身份被识破，兜跟大蛇丸联手对付他，以及隐藏着的鸣人、佐井及樱三人。
兜向他们透露自己确实是“晓”派来的卧底，中了蝎之术并受操控。
但后来得到大蛇丸的协助而解除忍术，故已叛变并成为大蛇丸的部下。
面对大蛇丸，鸣人无比的愤怒使他现出了其中三尾，兜见状欲对鸣人施以偷袭，然而单凭鸣人强大的查克拉，已把兜打飞。
不过兜的伤并不重，只消一刻时间便自我治愈了，亦了解到真正的蝎是不会再来，因为已经被眼前的这些人干掉了。
他在一旁目睹进化成四尾的鸣人，跟拥有不死身的大蛇丸对战，并称这是“怪物之间的战斗”。
经过一番激战，大蛇丸体力不支而退。而兜在救治被四尾鸣人所伤的小樱后声称是留下他们的性命，让他们干掉更多“晓”的成员，便前往照顾大蛇丸。
三年期限已到后，大蛇丸的容器面临极限，兜加紧为大蛇丸配制各种药物。
却不知佐助就在大蛇丸处于虚弱时，破了其不尸转生之术，杀死大蛇丸并夺去其一切力量。
当佐助从大蛇丸房间走出来的一刻，兜明白到经过他面前的已经不是大蛇丸，而是实力比大蛇丸更强的佐助。
对从小当过不同国家的间谍、无家可归的兜来说，感觉再次失去人生目标及身份。
然而他想起了鸣人既然能借由超越自身的力量、找到自己的真正身份，自己同样也可以做到。
于是他便把大蛇丸的白鳞大蛇躯壳移植到自己的左半身，意图得到大蛇丸的力量，甚至超越他。
但他却不擅于操控从大蛇丸移植过来的白鳞大蛇躯壳，因此却反给大蛇丸慢慢侵蚀。
此外他也私下跟着追踪佐助的鸣人、雏田和大和会面，把详细介绍“晓”成员的资料本送给鸣人，以作为鸣人令自己有所“领悟”、及重新寻找身份的“礼物”。
鸣人他们欲逮捕兜回木叶，但兜却以替身术避开，并且表示只要他能熟练运用大蛇丸的力量，便会和鸣人一战。
但他表示要先对付佐助，鸣人想问兜要对佐助做什么，但他却消失在众人面前。
之后的修炼中，兜完全掌控了与大蛇丸相同的力量，身躯已经和蛇的形态融为一体，以至于外貌与大蛇丸极为相像。
他在泷隐村杀人取尸体后和带土对峙时，自称已经超越第二代火影和大蛇丸。
将宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都和长门以秽土转生形式复活，并且以提供带土目前缺乏的战力来换取佐助交涉条件，对带土提议携手合作。
带土本来因他以佐助为目标而想拒绝他。但兜在黑绝的帮助下找到了宇智波斑的尸体并秽土转生，最后带土被迫同意。
交换条件是战争结果出炉前不能与佐助碰面，以及必须接受带土的监视。
由于兜对转生者的束缚力不够，于是绑架前来侦查的御手洗红豆，并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以强化控制力。
其后，药师兜使用龙地洞仙人模式与宇智波佐助以及使用别天神摆脱秽土转生的宇智波鼬交战。
兜被伊邪那美击败后，被宇智波鼬用幻术控制解除秽土转生，除了宇智波斑之外，所有被秽土转生的灵魂都已解除秽土转生。
但是宇智波斑知道如何脱离秽土转生的控制。
在秽土转生即将解除之际，终止了与转生者之间的通灵契约，才得以继续留在战场。
随后以解邪法印重生的大蛇丸取回自己的查克拉后与鹰小队同行。
在原剧中，兜最终重拾自我，终于脱离伊邪那美，以龙地洞仙人模式的状态出现在战场。
在第二代火影的灵魂禁锢术的帮助下，兜使用医疗忍术抢救佐助，让佐助能够再战宇智波斑。
斑开启无限月读以后，兜连同其他人一起中了此术并被神树缠绕。
最终第七班结束了第四次忍界大战，无限月读被解除，包括兜在内的所有人终于重获自由。
由于兜已醒悟，并且曾在第四次忍界大战中抢救佐助，间接带来忍界大战的胜利，所以不用再被列入叛忍名单中。
兜与儿时的伙伴乌鲁西一同在木叶开设了孤儿院，并担任院长，重兴当年养母的旧业。
鸣人等人返回木叶后，将带回的一众克隆人“宇智波信”托付给了兜。