叶向高听了方从哲转述的新君意见, 未及觐见他心里就先对新君有了印象：这是个刚愎自用、乾坤独断、有个性的皇帝。与他伺候了八年的神宗, 不愧为祖孙，这脾气不仅相像，好像还在神宗之上呢。
不答应他的条件, 自己就不可能再度入阁。答应了以后做事势必要缩手缩脚。
回乡吧, 还没有面君；不回去吧, 滞留在京师, 多一天就尴尬一天。
“中涵兄，那‘红丸’一事的内情，可否据实相述？”
方从哲叹气，那“红丸案”快成了自己头上的紧箍咒、跨不过去的一道坎了。
虽然叶向高比他小了十岁，但是二人同是万历十一年的二甲进士，然后一同考上庶吉士, 在翰林院学习了三年。但他在家闲赋了十五年，叶向高这十几年在朝廷早走到同年的前面, 成为阁臣、并“独相”七年。要不是万历四十一年, 叶向高举荐自己出任礼部右侍郎，权副主考官，自己是没有机会到神宗的跟前, 一步登天成为吏部左侍郎，辅佐叶向高主考会试, 继而成为阁臣、首辅的。
方从哲对叶向高是满心的感激, 所以才在光宗继位后立即就推荐叶向高起复。可惜叶向高不像赵南星那么及时地到京城, 不然以叶向高对光宗做皇太子时候的维护、以光宗的秉性, 令叶向高入阁、得到顾命大臣的托付，都是光宗轻松一句话的事情。
方从哲缓缓讲了“红丸案”、还有移宫时候新君两刀杀三人等这几个月发生的事情。末了推心置腹地劝叶向高：“进卿，我俩相识相交已接近四十年，彼此相知相信，你也知道我不是坚决狠厉之人。若那日我在李可灼第一次献药的时候，就立即以妖言惑众、居心叵测、意图谋害圣躬叱责了他，后面就没我什么事儿。就是因为一念之差，我为这事儿在新君接受礼拜后，就被关到了诏狱。幸好韩爌冒死相救，不然我还不得被满门流放了。”
方从哲甚是苦恼。
“如今我就想致仕，回乡过几年安稳日子。”
叶向高听完方从哲的讲述，沉默一会儿才说：“中涵兄，恕我直言了。你不能致仕的。从你的话里可见天子是明白人，现在是欣赏你、护着你的。一旦你致仕了，亓诗教等人将万劫不复。就是你自己，呵呵，你想想三人成虎，你怎么可能有安稳的晚年。”
叶向高的话击穿了方从哲苦心遮掩、最不想面对、却是最可能出现的结局。
他忧心忡忡地对叶向高道：“进卿，你若做了首辅，我就可以放心回乡了，是不是？”
叶向高摇头，心里疑惑方从哲是怎么熬过来的这些年呢。
“中涵兄，你在朝堂在天子跟前，不仅是首辅，你还有个方师的名头在，既然他那日接受了韩爌的解释，以后无论发生什么，不维护你就是出尔反尔。天子是明白人，他不会冒着被朝臣诟病的风险，更要顾及史册的。
还有在三人成虎之后，还有个人走茶凉呢。指望我？要是我守不住阁臣的位置，或者说我得不到首辅的位置，真的有人揪着‘红丸案’不撒手，是不是你在内阁最好？”
叶向高的话说到了方从哲的心底，再一个就是新君对他的信任、尊敬，也让他也舍不得离开朝堂。但他迫切想叶向高入阁，分担自己身上的压力。
“进卿，我听你的。但是你呢？”
叶向高摊手，“中涵兄，我到如今还有什么选择吗？要是没来京师也就罢了，像现在这样来了京师，却觐见的机会都没有就返乡，丢不起人啊。”
方从哲达到目的，笑着安慰叶向高。
“新君是讲道理的人。听说以前交与‘东李’照顾的时候，‘东李’是不允许他与宦官或者宫女子说话的。就是照顾他的奶嬷嬷，也不被允许与他多说话。这样长大的孩子，难免会有一些孤拐、不愿与人交往，但是新君身上却不见什么明显的痕迹。你不用担心新君的性格，尽管放宽心思好了，哪怕觐见的时候陛下说话不多，也是少年人不愿自己的声音难听。”
叶向高起身向方从哲深深施礼。
“若无中涵兄为我筹谋，我是没脸再见世人了。请中涵兄放心，若弟能入阁必与你并肩携手。”
方从哲赶紧还礼，一时间俩人惺惺相惜、结成同盟
方从哲从叶向高这里讨了准话，就赶紧去养心殿向朱由校禀报，言辞间尽是推崇叶向高能力在自己之上、比自己做首辅更好。
朱由校笑笑，“方师为王事尽忠的赤诚之心，朕明了了。明日带他过来吧。”
方从哲大喜，连连对天子拱手，兴高采烈地出了养心殿。
朱由校在方从哲走后，派人传吏部尚书周嘉谟。
“周卿，朕欲改廷推。”
周嘉谟点点头，想了想试探着说道：“陛下因为廷推重臣、阁臣之事，掌握在六科手里吗？老臣早觉得这是极其不合理的设计。以六科人才的能力，决定尚书、侍郎、阁臣的推举，一个给事中不签字就不能通过廷推。这岂不是比陛下的皇权更大了？”
朱由校点点头。
周嘉谟摇摇头继续说道，“虽然六科被陛下划去都察院，但是早点改了好。侍郎以上，吏部推荐臣子与陛下选择，六部七卿共同参与议定，才是正理的。”
朱由校点头，“如此废黜六科这权利之事交与周卿了。”
周嘉谟喜出望外应了下来。然后自去筹谋，怎么剥夺已经成为御史的六科旧日权利。
想了半日，他径直去都察院找张问达。协商无果后，忍不住就高声往张问达心口戳刀子了。
“德允，你是看不明白天子的意思还是与老夫装糊涂？那六科的官员为何被划到都察院的旗号下，不就是新君觉得他们碍事吗？阁臣是辅助天子处理政事的、能力要在各部尚书之上的人，却要七品的给事中签字是不是可入阁，这不是荒唐吗？你是不是要借着六科在你麾下，要自己独揽朝纲啊！”
“明卿兄，你莫急莫急。我从来都没有独揽朝纲的想法。”张问达见周嘉谟恼了，说话往死里挤兑自己，赶紧表态做让步。
“我也是觉得六科的权利过大，但是天子把六科划归都察院的时候，说了保留六科的原来权利。”
周嘉谟斜睨张问达，“御史都给你派出去交换核查隐田，六科原来做的事情都换了人去做，还怎么保留他们原来的权利不变？难道朝廷的大事儿，还要等他们几个月都回来了，才能有论断？哼！若是如此，万事以后都送到你们都察院，他们不再，你替他们做主，也毋须什么阁臣、尚书、侍郎了。”
“明卿兄，你这是小人之心了。”
张问达也不高兴了。
“那六科也不是我要归到都察院的，怎么能怪到我头上来。”
“你若是不想揽六科权利，就在六部七卿和陛下面前表态，明儿废黜了就是。”
周嘉谟步步紧逼，张问达就勉为其难地点头应允。
其实在张问达的心里，六科就是横亘在都察院前面的一座高山。他巴不得有人出面，帮他铲平了这山呢。同样是言官，都察院只有稽察、弹劾的权利，但六科不仅有御史的权利，还有封驳、侍从、补阙、拾遗、乡试充考试官、会试充同考官、殿试充受卷官。连册封宗室、诸蕃或告谕外国，都有充当正、副使的权利。
所以六科不仅与都察院的功能重叠，其权利还远在御史之上、吏部之上、天子之上。方从哲在廷推的时候就没有得到六科的认可，但神宗强力而为，结果是方从哲处理朝政的时候举步维艰，受到颇多自六科的人为阻塞。
只有把六科取缔了，才有都察院的出头之日。
得了张问达的同意，其他几部尚书和阁臣，周嘉谟都没有去问了。废黜了六科的权利，将给事中放回各部，归各部尚书管理，对大家都有好处。虽然是吏部得到的好处最大，可官员升迁本就是吏部的权利，最多天子能干涉一二罢了。
翌日的小朝会，朱由校与内阁、六部七卿商议，全体通过了周嘉谟的建议。原六科之人，都作为御史被张问达派了出去，没人在场提出反对意见。
皆大欢喜。
至于那些御史回来之后会怎么上书反对此事，朱由校早打定了主意，留中不发也就是了。
不然让他容忍吏部之上多个决定官员任用的部门？还是实质上多养了一个都察院？继续纵容这个有封驳圣旨权利的部门依旧大权独揽？
废黜六科以后，陪同叶向高来觐见天子的方从哲就很轻松了。叶向高主动积极地表示自己想做的就是辅助天子处理朝政。
于是朱由校与叶向高的初见会谈很融洽，结果就是叶向高当日以中极殿大学士的名义再度入阁。
消息传出，无数人开始抨击叶向高和方从哲这俩互相拉拔进内阁的行为。但内心深处是不是羡慕嫉妒恨，就只有他们自己知道了。
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六科给事中分掌六部，掌印长官都给事中是正七品，下有左右给事中为从七品，另还有给事中(从七品)若干，各科人数不同。
六科的权力表现在“封驳”——即是辅助皇帝处理奏章，这与阁臣的工作内容重叠。
“科抄"以及"科参"——即是稽察六部事务。
"注销"——是指圣旨与奏章每日归附科籍，每五日一送内阁备案，执行机关在指定时限内奉旨处理政务，由六科核查后五日一注销。
《明史》卷七十四《职官三》:
六科，掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之;有失，封还执奏。凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部，驳正其违误。
……乡试充考试官，会试充同考官，殿试充受卷官。册封宗室、诸蕃或告谕外国，充正、副使。朝参门籍，六科流掌之。登闻鼓楼，日一人，皆锦衣卫官监莅。受牒，则具题本封上。遇决囚，有投牒讼冤者，则判停刑请旨。凡大事廷议，大臣廷推，大狱廷鞫，六掌科皆预焉。”
由此可以看出，明代给事中不仅能够稽查六部百官之失，另外诸如充当各级考试参与官，廷议、廷推这些，只有各部堂上官才能参加的活动，也要由这些只有七品的官员参加，由此可见其职权之重。
六科都左右给事中员缺，乞选各科年深者以次升补。
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