其实吕光自立之前，还遭遇了一小段波折。
前凉西平公张天锡投奔东晋时，前秦外籍兵团指挥官王穆，把张天锡的世子张大豫，暗中藏了起来，一起投奔河西鲜卑部落酋长秃发思复鞬。
秃发思复鞬怕招来麻烦，就把张大豫送到了魏安郡，在吕光与梁熙激战正酣时，魏安人焦松、齐肃、张济等人，聚集武装士卒数千人，拥戴张大豫当盟主，准备恢复前凉政权，并成功攻克了前秦所属的昌松郡。
吕光因为忙于凉州的善后工作，一时没能顾得上，后来派辅国将军杜进领军反击，杜进却不幸战败，张大豫大军直逼姑臧。
按照张大豫的意思，要一鼓作气攻取姑臧，但王穆并不看好，劝他：“吕光城防坚固，粮食充足，武器锋利，军队训练有素，此时出击，并没有实际利益，不如先行收回岭西各郡，招兵买马，积蓄粮秣，然后再东下与吕光争夺，用不了一年，就可以把他制服。”
张大豫不同意，自称抚军将军，凉州州长，改年号为凤凰，任命王穆为秘书长，发出政治号令，传令各郡县，又派王穆到岭西各郡游说，建康郡、祁边郡等地武装部队集结部众三万人，据守杨坞。
眼见张大豫成了气候，秃发思复鞬也加入进来，派儿子秃发奚干，领兵联合王穆共率部三万人，从杨坞向姑臧城西推进。
吕光也算是身经百战了，眼前这点障碍，对他来说到底稀松平常，亲自出城迎战，很快便大获全胜，斩杀敌兵二万多人，张大豫等人落荒而逃。
因为忙于凉州的各项建设工作，吕光并没有着急展开追击，张大豫便借机会从西郡东下，攻入临洮，裹胁当地的居民五千多户。
386年12月，吕光自称使持节、高级咨询官、中外总司令官、陇右河西军区司令官、最高统帅、凉州州长、酒泉公，正式宣布后凉政权的确立，于是一系列平定叛变，清除异己的战争就此展开。
张大豫自然首当其冲，387年7月，各方工作准备就绪，吕光派将领彭晃和徐炅，攻击张大豫据守的临洮，大破敌军，张大豫被迫转投广武，秘书长王穆则投奔建康（凉州的一个小城，并非东晋国都）。
经此一战，张大豫彻底失去了依托，不但没有地盘，连部属也都四散而逃，毕竟没有人愿意跟着吃了上顿没下顿的落魄汉子东奔西走。
没过多久，广武百姓便不堪忍受张大豫带来的战争威胁，将其五花大绑送往姑臧，交由吕光处置。
吕光不是苻坚，绝不会姑息养奸，当即下令将其斩首示众，一方面发泄心头的愤慨，一方面也算是杀鸡儆猴，确保不会有人再肆意挑战自己的权威。
此举确实起到一定的震慑作用，不过王穆显然并没有受到影响，居然再度聚众挑起事端，夺取酒泉后，自称最高统帅、兼凉州州长。
这种做法或许有些莽撞，因为吕光必定不能允许卧榻旁还有敌人酣睡，但王穆的运气却是不错的，就在吕光准备出兵镇压的时候，国内发生严重的饥荒，谷米每斗价值五百钱，人民饥饿难忍，互相吞食，死亡超过总人口的一半。
出现这种骇人听闻的变故，吕光的第一要务是如何稳定民心，一时也便顾不上王穆的胡作非为了。
然而******引发了更大的变故，吃不上饭的时候，人们心中最直接的想法就是造反，挣开束缚的冲动变得异常强烈，一些心理素质略差或是行动力略强的人，往往就经受不住苦难的考验。
后凉西平郡长康宁，率先树立了造反的大旗，自称匈奴王，击斩了郡长，与吕光决裂，张掖郡长彭晃接着也聚众叛变，并和康宁、王穆遥相响应，势力发展很快。
所谓罚不责众，忍让同样适用，一个王穆或许不值得立刻大动干戈，但若是危机四起，就不得不采取行动了，否则必然会掀起更大的祸乱。
吕光打算亲自领兵攻打彭晃，将领们劝说：“康宁正在我们的南方，等机会动手，如果还没制服彭晃和王穆，而康宁率先发难，我们大军进退两难，将有很大危险。”
吕光解释道：“各位的判断完全正确，可是我们今天如果不主动出征，就只坐等他们前来，而一旦这三处盗贼结合，东西夹攻之下，姑臧城外，就不再归我们所有了，大势将去，现在彭晃刚刚叛变，跟康宁、王穆还不亲密，即便有会师的意向，但并未成为现实，此刻正是出击的最佳机会。”
将领们纷纷点头，吕光于是带着他们，亲领骑兵三万，日夜不停地奔赴张掖，然后猛攻近20天，终于把城池攻破，将彭晃斩杀。
彭晃一死，康宁畏惧不已，很快献城请降，王穆则在慌乱之中误杀亲信，致使人心尽失，在吕光大军压境之时，军队一哄而散，只剩他一人仓惶奔逃，后被骍马县长郭文砍了头。
到了388年，后凉终于全境都得以平静下来。
只要有人，其实就难做到真正的风平浪静，虽没有各地变民揭竿而起，但总是有其他问题作为替代品出现。
刚夺取凉州时，吕光对辅国将军杜进言听计从，任命他为武威郡长，十分宠信，其他任何一个官员都比不上。
有得力助手本是好事，可巧吕光的外甥石聪从关中前来投奔，吕光有意无意地问他：“中原人对我的印象如何？”
他自然是想听听奉承的话，说他多么忠良多么勇敢之类的，可是耿直的石聪却如是说道：“只听他们议论杜进，并没听说舅舅。”
吕光万分惊恐，想不到杜进的名声竟把自己都盖过了，于是随便找个借口，就把这个忠实的盟友杀害了。
凉州本就人才凋敝，杜进之死，或许不会对后凉造成致命伤害，但于发展总是不可避免产生负面影响，拖慢壮大的时机，甚至埋下危机的种子。
杜进毕竟是功勋卓著的元老重臣，事业刚有起色，便将其诛杀，不论借口有多么貌似合理，群众的眼睛都是雪亮的，吕光那点自私的念头根本无从掩盖。
大家虽不说，但其实已受到了莫大的伤害，许多怀着一腔热情想要前往投奔的，也都望而却步了，即便凉州存在一个比王猛还要厉害的政治家，或许也就此错失了。
好消息是，凭借河西走廊的地理位置，虽然对外征服，略显乏力，但只要内部不爆发严重危机，外人也很难打进去，吕光有非常充裕的时间强大自己。
(本章完)