慕容垂此次南行，并没有取得预期那么大的成果，甚至都没有什么可以称道的成果，反倒给了北部叛将出动的机会。
谋杀领导的丁零部落酋长鲜于乞，本来据守在曲阳西面的太行山，听到慕容垂南下的消息，于是攻击隔壁的望郡，大肆掠夺居民。
留守中山的慕容麟准备亲自率军讨伐，将领们劝他：“殿下把京师军队调走一空，远征贼寇，万一不能取胜，必会伤害你的威望和地位，不如派别的将领出马。”
慕容麟却是异常坚决，回道：“鲜于乞听说皇上在外，心中无所顾忌，一定没有戒备，我只要一次攻击，就可取胜，不必担心。”
这孩子年轻时可是坑爹专业户，但长期在战场辗转，又受慕容垂的熏陶，倒也修炼成了不错的指挥官，心意已定，立刻领兵前往鲁口，用以迷惑鲜于乞的部署，然后深夜回军，火速赶往丁零大营，天色拂晓时，已抵达营门，刚一接触便展开猛烈攻击，生擒鲜于乞，大胜而回。
鲜于乞消停了还过没多久，吴深就完成了接力，征集一帮同党在清河叛变。
若是旁人也就算了，但吴深本是太监，居然也来凑热闹，慕容垂很是恼火，得到消息后，一时也顾不上什么开疆拓土了，亲自领兵镇压，终于在386年12月18日攻克清河，吴深单人匹马逃亡。
前燕时代的太子宫图书管理官温详，在投奔东晋后，被任命为济北郡长，驻守东阿，温详的弟弟温攀，驻守在黄河南岸，两人眼见后燕出现混乱，便想趁机采取行动。
慕容垂听到风声，立刻下令沿黄河展示军事武力，以震慑东晋。
高阳王慕容隆劝说：“温详那批人不过是白面书生，集结了一帮乌合之众，仗恃黄河险要以自保，如果大军渡过黄河，他们必定望风披靡，根本都不用交战。”
慕容垂认为可以一试，于387年正月21日，派镇北将军兰汗和护军将军平幼，渡黄河南下，慕容隆大军则在黄河北岸戒备掩护，温攀等人果然大吃一惊，直接放弃阵地，退回东阿。
平幼领兵追击，大获全胜，温详连夜带着妻子儿女，逃往彭城，部众三万多人，全都投降后燕，慕容垂让太原王慕容楷担任兖州督导官，镇守东阿。
后燕近来的处境，实在是按下葫芦浮起瓢的状态，各处叛乱接连兴起，慕容垂基本上也做不了别的事了，只能四处修补破墙残壁。
安次变民首领齐涉，集结了八千多户，准备发动叛乱，遭到燕军镇压后，被慕容垂任命为魏郡郡长，但没过多久，后燕各地战火不断，齐涉重新叛变，并与东晋叛将、泰山郡长张愿，秘密取得联络，于是丁零酋长翟辽也加入进来，三人约定齐聚新栅，一起挑战后燕。
慕容垂准备立刻对齐涉展开攻击，慕容隆再度进言：“新栅城池坚固，一时半会难以攻破，如果大军被困在城下，张愿率领他的难民部队，在西方引导丁零，可能会造成大的灾难——依我的观察，张愿的部众虽然很多，但全都是新近归附的，向心力不强，不能死战，我们正应该趁他自己找上门来，先对他发动攻击，张愿父子仗恃他们的骁勇，一定不会躲避，可以在一次战斗中，把他们制服，张愿被击破，齐涉没有外援，注定不能独存。”
慕容垂欣然接受，于是派范阳王慕容德、陈留王慕容绍和龙骧将军张崇，率步骑兵二万人，与慕容隆会师，合击张愿。
大军抵达斗城时，人马正在休息，张愿突然率人来袭，后燕惊恐失措，慕容德部队急行逃走，而慕容隆因为已夸下海口，硬着头皮就地戒备，张愿派儿子张龟竭力冲锋陷阵，慕容隆就派左右将领王末迎头痛击，并成功击斩张龟，张愿大军也被迫撤退。
另一方面，慕容德奔走数里之后，得到后方战胜的消息，立即重新整顿部队回军与慕容隆会师，对慕容隆说：“贼寇的气势正盛，我们应该稍稍休整再做打算。”
慕容隆不以为然：“张愿趁我们不备的时候，发动偷袭，以为能获得大捷，但不知我们的将士，被隔在黄河渡口，南岸后退无路，形势逼迫之下，每个人竭力死战，所以到了最后，反而扭转不利形势，把敌人击退，而今盗贼声势已衰，进退难有定论，力量不能集中，我们应该迅速发动攻击。”
慕容德想到自己之前的窝囊行径，一时羞愧不已，只得说：“我全听你的。”
燕军于是正式开始进攻，在盆口会战，大破张愿，杀敌七千八百多人，张愿只身逃到三布口，慕容隆等人则进入历城，青徐兖三州各郡县的民众自卫堡寨几乎全都投降，东晋收复的北方失地再度回归后燕。
慕容垂十分高兴，让陈留王慕容绍，担任青州督导官，镇守历城，慕容德等人则班师回京。
新栅的外援已经无望，一个月后，齐涉的部将冬鸾发动政变，生擒了领导，并送往后燕处置，慕容垂毫无含糊地下令斩了齐涉父子，其他人则全都赦免，南部边疆的叛乱终于全部宣告平息。
但太监吴深仍然逍遥法外，击杀了清河郡长，蛊惑章武变民首领王祖和勃海变民首领张申，也都一起叛变。
慕容垂对这种事真的是倦了，让乐浪王慕容温率军讨伐，他自己则返回中山，暗中准备讨伐西燕的大计。
在此之前，皇子慕容柔、皇孙慕容盛和慕容会，终于从西燕逃回中山，慕容垂为此特意下令大赦天下，并向慕容盛打探西燕的情形。
慕容盛回说：“西方的军情，骚动不安，人人都愿意东归，陛下只要树立仁政，等待时机，一旦大军前往，将士们自会扔掉武器，像孝顺儿子归附仁慈父亲一样。”
慕容垂大喜，封慕容柔为阳平王、慕容盛为长乐公、慕容会为清河公。
虽然慕容垂确实有才，但凭一己之力终究难以延续故国全盛时的景象，国家各地叛乱频出，民生工作不到位，一味靠征伐是不能创造和谐社会的，当年前秦之所以瞬间成长为庞大的帝国，主要是因为有王猛在战场后方维持内政，至于后来崩于顷刻，则正是因为缺乏像王猛一样人的努力，后燕此时的问题也是如此，而且更加严重，因为天下大乱、人心思变的程度远胜从前。
(本章完)